在正常運行條件下，反滲透膜也可能被無機物垢、膠體、微生物、金屬氧化物等污染，這些物質沉積在膜表面上會引起凈水設備反滲透裝置出力下降或脫鹽率下降、壓 差升高，甚至對膜造成不可恢復的損傷，物理沖洗已經不能使反滲透膜的性能恢復，因此，為了恢復良好的透水和除鹽性能，需要對膜進行化學清洗。
一般3～12個月清洗一次，如果每個月不得不清洗一次，需要改善預處理例如追加**或重新設計膜系統，調整的運行參數。如果1～3個月需要清洗一次，則需要提高設備的運行水平，是否需要改進預處理系統較難判斷。
不同的污染物應采用不同的清洗藥劑，污染發生時通常不是只有一種污染物，因此常規化學清洗需要包括高PH值清洗或低PH值清洗兩大步驟，選用哪種清洗劑進行化學清洗，可以按以下方法判斷：
按反滲透進水水質判斷；
進行全系統膜元件清洗之前，可以從系統中取出一、兩支膜元件，通過進行清洗試驗，選擇*佳的清洗藥品
一般來說，應先采用高PH清洗液清洗油類和微生物污染，然后采用低PH清洗液清洗無機垢類或金屬氧化物污染。有時也先酸洗后堿洗，或者只采用一種藥劑清 洗，例如地下水源的鐵污染，采用簡單的低PH清洗即可。
有時清洗液中加入洗滌劑以便去除微生物和有機污染物；有些加螯合劑如EDTA，以便更好地去除膠 體、有機物、微生物和硫酸鹽垢，如果選擇清洗劑不當，或清洗順序不當，可能會使污染惡化。
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